いろいろ発想されて問題に立ち向かっておられるご様子,なによりと思います。
さて,ご指摘された点ですが,次のように考えればいかがでしょうか。
反力というのは部材を支えようとして「支点」に発生する力をいいます。例えば垂直な壁に水平に棒を固定(←支点になります)し,自由端にある重りをぶら下げたところ壁がめくれて棒が落ちたとします。そのとき,壁は反力に耐えられなかったわけですね。つまり,反力はある意味で目に見えます。
一方,せん断力(応力)は「部材の内部」に生じる力(内力)で,目には見えません(もっとも計測機器を使えば別ですが)。この内力を知るために仮想切断という考え方が導入されたと思います。
ご指摘のように
>端点Bを断面として見た場合、反力VBは剪断力として扱われ
はその通りです。しかし前提の「端点Bを断面として見る」ところにミスがあるように思いますが。ご検討ください。